Məscid Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xan tərəfindən 1769/70-ci ildə (hicri 1183) tikilmişdir. Məscid müəyyən dövrlərdə mədrəsə kimi fəaliyyət göstərmişdir. Məscid binasının uzunluğu 46 metr, eni 10,80 m, hündürlüyü 4,50 m, minarəsinin hündürlüyü isə 18 metrdir. 
XIX əsrdə aid iki mərtəbəli əlavə tikilidə fəaliyyət göstərən Xan məscidinin sərgi zalı 3 ekspozisiya zalından ibarətdir. Birinci mərtəbəsində XVIII əsrə aid maddi mədəniyyət nümunələri sərgilənir. Burada təqdim olunan elektron kioskda azərbaycan və ingilis dillərində Şəki xanlığının tarixi barədə məlumat öz əksini tapmışdır. İkinci mərtəbədə isə müxtəlif xalçaçılıq və şəbəkə sənəti nümunələri, həmçinin numizmatik, XVIII-XIX əsrə aid silah nümunələri nümayiş olunur. 
Muzeyin əsas zallarından biri xan otağıdır. Həmin otaq Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xana həsr olunmuşdur. Burada Məhəmmədhüseyn xan Müştağın təşkil etdiyi ədəbi məclislərdə istifadə olunan ud musiqi aləti , xanın taxtının və Şəki xanlığının bayrağının surəti, sədəflə işlənilmiş şahmat taxtası,  və s. nümayış olunur.